Entrez dans Isélia, vous allez faire connaissance avec Paul, un jeune garçon fan de Lloyd. Après la scène, vous pouvez aller mettre à jour votre équipement dans le bâtiment du centre. Ensuite allez chez le maire, tout au Nord-Ouest de la ville, à gauche de l'école. Parlez au maire, il vous enverra voir le père de Lloyd au temple de Martel. Sortez du village par le Nord, le chemin à droite de l'école.
Allez au temple de Martel. La route est bloquée par Noïshe. Tenebrae va discuter un peu avec lui et ce dernier lui raconte une blague que Tenebrae refuse de vous dire. Entrez dans le temple pour parler à Dirk le nain. Ce dernier n'a pas de nouvelles de Lloyd depuis 6 mois, depuis qu'il est parti récolter les exsphères restantes. En sortant, Raine viendra vous demander si vous avez vu Paul. Vous lui dites qu'il est parti au ranch humain d'Isélia. Après un petit détour à Isélia, partez au Ranch pour retrouver Paul.
Dirigez-vous vers le ranch, sur le chemin vous serez attaqué par un oiseau. Battez-le facilement et entrez dans le ranch. Celui-ci est plongé dans le brouillard. Avancez à l'aveuglette pour tomber sur un monstre et le battre. Le brouillard se dissipera, allez à droite et grimpez le long des promontoires pour trouver Gelée mixte. Revenez sur vos pas et entrez à travers les portes défoncées. Examinez le sol pour voir un point brillant et récupérer carte d'accès 1. Allez sur la droite pour trouver un échelle menant vers les tréfonds...
Avancez à l'intérieur pour trouver un piédestal et modifier la fonction de l'anneau. Allez vers la gauche pour trouver une porte entourée de deux petits pylônes. Envoyez des éclairs dessus pour ouvrir la porte. Avancez dans ce couloir, et utilisez la carte trouvée juste avant pour ouvrir la première porte. Dans la pièce, un coffre contenant cape de l'air. Revenez dans le couloir et passez la porte tout au bout à gauche. Vous arrivez dans une pièce inondée, anciennes cellules de prisonniers. Dans la cellule tout au bout, ramassez clé de l'ascenseur. Retournez dans le couloir et ouvrez la porte du haut, dans la pièce activez l'interrupteur sur le mur. Revenez dans le couloir et retournez dans la pièce du point de sauvegarde. Vous pouvez vous guérir entièrement et acheter des objets sur les deux grands blocs bleus. Faites attention aux lasers activés partout. Partez vers le nord, puis allez à droite, puis vers le bas. Un ascenseur vous attend. Activez-le avec l'anneau et montez dessus en choisissant le niveau 3.
Dans cette salle, vous aurez à faire à des plateformes sur rails, changeant de direction grâce à des écrans de la même couleur que chaque plateforme. A droite, un marchand et un minouz vous attendent. A leur gauche, un panneau de contrôle qui ouvre une porte au dessus, activez-le.
Allez à gauche et montez avec la plateforme verte. Changez la direction de la plateforme sur l'écran vert et reprennez la plateforme vers la gauche. Changez la direction sur l'escalier bleu et montez les escaliers. Prenez la plateforme bleue vers la droite, changez la direction, remontez dessus et descendez. Changez encore la direction, montez dessus et allez à droite. Fermez la valve blanche près de l'écran violet et
revenez tout en arrière, à l'entrée de la pièce. Allez tout à droite, près du marchand et du minouz puis descendez pour trouver une échelle. Descendez-la. Un bloc flotte sur l'eau, poussez-le vers la droite. Il va glisser sur l'eau et aller se coincer plus loin. Fermez la valve juste à côté pour faire descendre un peu plus le niveau de l'eau. Retournez à la plateforme violette en refaisant le chemin sur les plateformes. Changez la direction sur l'écran violet et descendez sur la plateforme violette. Allez à droite et longez le mur pour avancer sur une grosse tuyauterie.
La bloc poussé précédemment fait office de pont. Allez jusqu'au bout. Poussez un autre bloc flottant et rebroussez chemin jusqu'à la plateforme violette. Descendez l'échelle et allez à gauche grâce au bloc flottant. Prenez la plateforme blanche vers la gauche et fermez la dernière valve. Descendez l'échelle à gauche et prenez dans le coffre Gantelets d'écailles. Remontez l'échelle, ouvrez la valve, prenez la plateforme puis remontez l'échelle. Modifiez la direction de la plateforme blanche et remontez dessus. Elle ira vers le haut cette fois. Allez à gauche et examinez le panneau de contrôle pour ouvrir une autre porte au-dessus. Allez tout à gauche pour récupérer pétales de fleurs dans un coffre. Revenez en arrière, montez les escaliers et prenez la plateforme bleue foncé. Montez et prenez la plateforme de gauche pour récupérer Tête de noïshe. Revenez à la plateforme précédente et changez la direction sur l'écran, puis prenez la plateforme de droite. Changez la direction sur l'écran jaune et prenez la plateforme jaune.
Prenez la plateforme violette, examinez le panneau de contrôle pour ouvrir une autre porte. Reprenez la plateforme et changez la direction de celle-ci, reprenez-la vers la droite. Changez la direction et reprenez-la vers le bas. Récupérez Lizard Skin dans le coffre, changez la direction de la plateforme violette pour que deux flèches vers le haut s'affichent. Prenez la plateforme vers le haut et entrez dans la porte ouverte.
Vous voici dans une pièce pleine de barrières électriques. Pour les désactiver, attirez un monstre en lui balançant un coup de jus avec l'anneau. S'il traverse une barrière celle-ci s'arrête et celles de la même couleur avec. Détruisez les barrières, récupérez Gants blancs en haut à gauche de la pièce puis utilisez l'anneau sur le petit pylône pour ouvrir la porte de droite. Dans la pièce, récupérez clé d'accès 3 entre les tubes de verre et Camomille dans le coffre. Revenez dans la pièce précédente et ouvrez la porte de gauche pour obtenir Robe en argent. Revenez en arrière et ouvrez la porte de gauche en utilisant l'anneau sur le petit pylône de l'autre côté de la porte. Ouvrez encore une porte à gauche et entrez dans la pièce. Vous venez de trouver Paul, assis et effrayé. Emil se fait attraper par quelque chose d'invisible qui s'avère être un arbre géant. Raine apparaît alors et lui porte secours à coups de Photon. Le combat s'en suit contre ce même monstre, le boss du ranch. Concentrez-vos coups sur lui et ça devrait être facile (surtout avec un monstre de type feu). Le combat terminé, refaites tout le chemin jusqu'à la pièce aux plateformes, prenez l'ascenseur jusqu'à l'étage 1. Allez vers le nord puis à gauche et ouvrez la porte tout en haut pour récupérer Chakram d'argent. Revenez à l'entrée du ranch et sortez sur la carte. Retournez à Isélia.
De retour à Isélia, Raine souhaite vous parler dans sa classe. Dirigez-vous vers l'école. et entrez dans la classe. Raine n'est pas encore là, et nos héros en profitent pour regarder les dessins des enfants, représentant presque tous Lloyd Irving. Raine arrive et vous raconte l'histoire de Paul et Lloyd. Marta s'enfuit de la classe. Sortez de l'école et dirigez-vous vers le bas pour la trouver près de l'étang. Retournez à l'école voir Raine, celle-ci vous indique que Pepe à vu Lloyd récemment. Sortez de l'école et allez à droite pour trouver Pepe. Ce dernier à bien vu Lloyd sur un objet volant se diriger vers Triet. Raine se joint à vous, sortez de la ville et dirigez-vous vers les Ruines de Triet.
Petite scène amusante, qui montre une fois de plus l'amour de Raine pour l'archéologie. Devant ces ruines de l'ancien temple du feu, elle est dans tous ses états. Faites le tour des amas rocailleux et passez la porte. A l'intérieur, Génis, le jeune frère de Raine, est bloqué par un monstre endormi alors qu'il avait vu Lloyd entré plus tôt. Tenebrae vous fait encore part de sa sagesse. Pour réveiller le monstre, il lui faut de la nourriture, et pas n'importe laquelle : du monstre aquatique! Par chance, il y a une oasis à Triet, sortez des ruines et dirigez-vous vers Triet.
Votre but dans la ville enneigée du désert, Triet, est de trouver de quoi manger pour le monstre vous barrant le chemin aux ruines. Vous pouvez faire le plein d'objets dans le marché de gauche. L'oasis est dans la partie nord de la ville. Allez sur le ponton pour déclencher une petite scène, Tenebrae va se transformer en canne à pêche. Descendez sur la glace et mettez-vous près d'un trou. Regardez bien la barre de droite, quand l'icône poisson passe dans le vert, soulevez vite la wiimote. Lorsque vous avez attrapé votre monstre, celui-ci va se retourner contre vous, battez-le. Emil va ensuite passer un pacte avec lui. Retournez aux ruines.
Nos héros élaborent un plan avec votre nouveau monstre en guise d'appât. Le chemin libéré, commencez par aller vers le nord, puis à gauche en contournant la colonne pour trouver gelée d'ananas. Revenez en arrière et sortez dans la pièce par la droite pour vous retrouver dans le couloir. Montez puis entrez dans la pièce du fond, à gauche. Dans la pièce, allez vers le haut puis vers la gauche pour trouver un bloc de pierre. Tirez le vers la droite, puis vers le bas pour le faire tomber à côté d'un bloc identique. Marchez sur les deux blocs et actionnez l'interrupteur pour abaisser une plateforme. Ressortez de la pièce, et descendez le plus possible le long du couloir. Entre dans la pièce du bas en prenant soin de ramasser cape de l'eau dans le coffre à gauche. Montez les escaliers et actionnez l'interrupteur pour abaisser une plateforme dans la pièce où vous étiez juste avant.
Revenez dans le couloir et retournez dans la pièce tout au nord. Allez sur la plateforme que vous venez de baisser. Actionnez l'interrupteur et montez les escaliers. Au bout poussez le bloc pour qu'il tombe. Sortez de la pièce et descendez. Passez par la porte du milieu et traversez le bloc que vous venez de pousser. Montez les escaliers pour obtenir Ruban noir et Demi-gantelets. Actionnez l'interrupteur et prenez l'épée large dans un coffre juste au sud.
Allez sur le cercle bleu pour vous téléporter dans la pièce où se trouvait Efreet dans ToS. Allez au fond de la pièce et examinez le mur pour faire apparaître un passage. Dans la nouvelle pièce montez les escaliers, tout en haut se trouve un bloc de pierre. Descendez et sauvegardez. Vous voilà devant l'Ignius'core. Lloyd arrive derrière vous pour s'en emparer mais s'enfuit. Le monstre endormi du début est aussi le boss du donjon. Celui-ci arrive et s'ensuit un combat difficile. Il dispose de 18 000 PV et à 4 Jacasseurs avec lui. Eliminez-les en premier ou ils vous embêter jusqu'au bout. Prévoyez les gelées et les fioles vitales! A la fin du combat, ramassez Masque de Lloyd 2 et sortez des ruines. Sachant que les noyaux de centurions se trouvent là où le mana est anormalement élevé, où se trouvent les esprits élémentaux par exemple, vous partez vers l'antre de Celsius. Pour atteindre Flanoir, passez par Izoold. En chemin, votre équipe monte un camp, Emil va chercher du bois pour le feu et croise Richter. Un Jacasseur va vous attaquer, battez-le. Un grand dragon apparaît alors, Richter va vous aider à la battre, mais il n'en reste pas moins coriace. Un bébé dragon apparaît ensuite, mais Emil prend sa défense face à Richter qui voulait l'éliminer. Après cette scène, Emil rentre au camp. Fin du chapitre 3.